讲的是主角穿入柯南后，成为黑暗组织的一员，并且缩小混入毛利家监视工藤新一的故事。GIN：好好监视毛利小五郎和毛利身边戴眼镜的小鬼。江户川柯南：组织一有动静立马通知我。毛利兰：你和柯南两人最近鬼鬼祟祟到底在忙什么呢？还有你认识新一的吧，把新一的行踪告诉我，现在，马上！灰原哀：博士和你们出去玩的时候有没有偷偷吃甜食？安室透：听说你已经成功混入毛利小五郎家里了？那我也来抽个热闹。赤井秀一：怎么样，有没有和我的妹妹世良真纯接触到呢？ 穿越柯南之双面卧底
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